S’en suivit alors une période difficile pour L’Eau Vive et pour son nouveau directeur. Ne pouvant continuer ses études au Saulchoir, Jean entama une thèse de doctorat sur Aristote à l’Institut Catholique de Paris. En même temps, il prépara un séjour au séminaire de Québec pour être ordonné prêtre dans ce diocèse. Il allait ensuite retourner à Paris afin de continuer à exercer sa fonction de directeur de l’Eau Vive tout en assumant le rôle d’aumônier pour les étudiants canadiens à Paris. Mais ce projet ne se réalisa pas. Les tensions entre les dominicains et le jeune directeur s’accumulèrent. En juin 1956, Jean Vanier fut prié par Rome de quitter L’Eau Vive, de ne plus s’engager dans un projet du même style et de passer non pas quelques semaines, mais quelques années dans un séminaire avant d’être ordonné.

L’histoire de ce grand homme aux yeux bleus montre son étonnante capacité à se réorienter vers l’avenir, vers la vie. Elle montre aussi son humilité, sans aucun doute un de ses traits de caractère les plus frappants. Ayant quitté l’Eau Vive, Jean ne sut que faire. Il passa une année dans l\'abbaye Notre Dame de Bellefontaine. Tout en continuant à travailler à sa thèse, il essaya de discerner si sa vocation devait le conduire au Québec pour devenir prêtre ou si elle l’appelait à suivre l’enseignement de son père spirituel. Sous la pression de l’Église, le Père Thomas s’était retiré dans une abbaye trappiste près de Rome. Jean décida de ne pas entamer une carrière ecclésiastique afin de pouvoir rester près de son mentor.

Contrairement à ce qu’on pourrait s’attendre d’un jeune homme de 28 ans, Jean interpréta cette nouvelle étape de sa vie non comme la fin d’un rêve mais comme un signe montrant la direction vers quelque chose de plus important. L’Eau Vive l’avait préparé à de nouvelles perspectives dans sa quête spirituelle. Devoir partir de la communauté et renoncer à l’ordination lui permettait de se rapprocher davantage de Jésus. Cinquante ans plus tard, Jean dira, « j’étais forcé de continuer la recherche et de croire que la vie serait toujours plus forte que la mort. »