Jean quitta la marine en 1950. Il entama alors une recherche sur le plan philosophique mais surtout sur le plan spirituel. Il fut accompagné par le Père Thomas Philippe. Ce dernier, dit Jean, fut « non seulement mon guide spirituel, mais aussi un maître sur le plan intellectuel. »* « J’imagine que, débutant que j’étais, j’avais besoin d’un maître, d’un professeur, d’un père spirituel. Je pense que je savais que je ne savais rien. Je percevais une présence de Jésus et je me sentais lié à lui. Comment expliquer cela ? Nous touchons l’inexplicable. »** Jusqu’à sa mort, le Père Thomas allait suivre l’évolution de son protégé. Ce dernier estime que la rencontre avec le Père Thomas Philippe fut le deuxième grand événement de sa vie

En quittant la marine, Jean s’accorda une année de réflexion. Il entra dans la communauté de l’Eau Vive rassemblant des laïcs, la plupart étudiants. Le Père Thomas en était le directeur. Jean, qui avait cherché à servir son pays, qui avait grandi dans un environnement militaire, y découvrit le monde de la théologie et de la philosophie. Il commença ses études au couvent dominicain du Saulchoir avec l’intention de devenir prêtre. En même temps, il accompagna le Père Thomas dans ses déplacements. Il eut donc le privilège d’être enseigné non seulement par ses lectures mais par la vie qu’il menait avec son guide spirituel. La protection relative dans laquelle vivait Jean sous les ailes du Père Thomas se termina brusquement en 1952. En effet, ce dernier, accusé par Rome d’être hétérodoxe et trop mystique, fut obligé de quitter l’Eau Vive. A la demande du Père Thomas, Jean Vanier prit la direction de la communauté.


* Kathryn SPINK, Jean Vanier et L’Arche : Une communion dans l’amour, Éditions Bellarmin, 1993, p. 21
** Jean VANIER, Toute personne est une histoire sacrée, Plon, 1994, p.15